En 1754, les gouverneurs de Nijkerk , les « Ambtsjonckers » décidèrent la construction d’un nouvel orgue pour l’église principale, la « Grote Kerk ». L'orgue précédent avait été détruit en 1673 par des soldats français qui avaient installé leur campement dans l'église. Mais la roue ayant tourné, Nijkerk commençait à s'enrichir grâce à la culture du tabac. Le buffet a donc été construit en chêne par l'ébéniste Andries van Bolder et Matthijs van Deventer s'est occupé de la facture d’orgue : la tuyauterie, de la mécanique et de tout le reste des éléments internes de l'orgue. Diverses factures indiquent qu'ils ne sont pas les seuls à avoir apporté leur contribution : ont également participé à ce projet des peintres, un marchand de bois, un ferronnier, des charpentiers, et le sculpteur qui a réalisé les piliers.
En 1779, une horloge a été ajoutée sur la tour centrale de la section principale. Cette horloge a été fournie par l'horloger belge Van Fischer, et est surplombée par les armoiries de la ville de Nijkerk. La pièce originale, représentant le lion de Nijkerk dans du bois sculpté, est toujours visible sur le mur de la sacristie. Le facteur d'orgues Johannes Andreas Paradijs, établi à Amsterdam, a réalisé l'entretien de l'orgue jusqu'en 1800. De 1800 à 1811, l'orgue a été entretenu par Gerhard Axsen de Nijkerk.
À partir de 1812, l’entretien a été confiée à Abraham Meere. Ce dernier a, entre autres, réparé des tuyaux déformés, rallongé certains tuyaux du Prestant et installé de nouvelles languettes dans les Trompet et Dulciaan. Outre les travaux effectués sur la mécanique de l'instrument, il a également modifié la composition. Le Cornet III du buffet principal, a été remplacé par un Carillon III et la quinte Quint 1 1/2' par un dessus de Fluit Travers 8' (Flûte traversière). Il a en outre installé cinq tuyaux frontaux en bois à chacun des deux angles de la section arrière. Jusqu'en 1844, plusieurs facteurs d'orgues ont pris soin de l'instrument. C'est précisément cette année que Carl Friedrich August Naber est entré en scène. Il sétait chargé d'entretenir l'orgue et a réalisé différents travaux sur l'instrument. La disposition a été modifiée en 1855, par une personne dont l'identité demeure inconnue. Dans le buffet arrière, une Viola di Gamba (à partir de do) a été inséré en remplacement du Carillon III. Le jeu de flûte en bois (Woudfluit) original de Van Deventer a été déplacé au clavier principal, où il a remplacé le Tertiaan II. Et à l'endroit où se trouvait le Woudfluit, un Gemshoorn 4' (à partir de do) a été installé. Le Mixtuur VI de la section principale a été réduit à III-IV. Le Sesquialter II a été réduit à un jeu de dessus.
L'orgue a aussi connu un événement marquant au cours de son histoire : il a été peint intégralement en blanc. L'année de ce changement n'est pas précisément connue, mais ce serait autour de 1863.
En 1910, l'entreprise De Koff d'Utrecht a installé un jeu indépendnat Subbas 16' au pédalier. Le spécialiste a installé deux tirasses, entre autres. Le Woudfluit 2' du buffet principal (situé à l'origine sur la section arrière) a été remplacé par un Violon 8' (à partir de do). Le Octaaf 2' a été rendu moins aigu. Dans la section arrière, le Fluit Travers 8' d'Abraham Meere a été remplacé par un Prestant 8' (à partir de do). De Koff a par ailleurs changé les claviers et le pédalier.
En 1937, la couche de peinture blanche a été retirée, ce qui a laissé réapparaître la magnifique teinte brun foncé de l'orgue. L'entreprise Koch a amélioré l'orgue de différents points de vue et installé un moteur électrique.
Peu après la Seconde Guerre mondiale, l'entité en charge de l'orgue a préparé un projet d’amélioration de l'instrument avec un grand pédalier séparé. Cela aurait porté le nombre total de jeux au pédalier à dix, dont quatre anches. Du fait d'un coût trop élevé, ce projet n'a pas pu être validé. La volonté d'ajouter des registres de pédalier était toujours présente, mais cela s’est avéré plus complexe à cause de l'espace limité à l'intérieur du bâti du buffet principal et derrière celui-ci.
En 1953, une nouvelle restauration a eu lieu. Celle-ci a été assurée par l'entreprise Koch, qui a fourni une nouvelle Mixtuur VI pour le buffet principal. Le Sesquialter II a été rétabli sur tout l’ambitus du clavier et le Tertiaan II a été remplacé. Ces deux jeux étaient en partie composés des tuyaux d'origine, à l'instar de la Mixtuur.
Le buffet de positif a à nouveau reçu une Woudfluit 2'. Mais il s'est avéré que l'organiste de l'époque, Hein Bouwman, n'appréciait pas le son qu’elle produisait, et il a apporté sa solution personnelle. Il a mis les tuyaux du Gemshoorn 4' (qui avaient été conservés avec l'orgue) une octave plus bas (ce qui en a fait un jeu de deux pieds) à la place du Woudfluit. Il y avait aussi un nouveau Carillon III, bien que Van Deventer ne l'ait pas intégré dans le devis d'origine. C'est Abraham Meere qui avait mis en place ce jeu en 1812, en lieu et place du Cornet III. Enfin, la Mixtuur III de la section arrière, qui était toujours d'origine, a été décalée d’un demi-ton.
Cette restauration n'a pas été jugée satisfaisante. De nombreux jeux avaient perdu en clarté, en vitalité et en volume. De 1956 à 1960, l'entreprise Gebr. Van Vulpen a réalisé des travaux sur l'orgue, dont de nombreux registres ont été réaccordés à cette occasion. Le Mixtuur III de la section arrière a été remplacé par un nouveau.
Au début des années 70, il a été envisagé de faire restaurer l'orgue par l'entreprise Gebr. Van Vulpen. Au fil du temps, un nombre considérable de tuyaux avait été déplacés, réutilisés et grossièrement raccourcis. Autrement dit, l'instrument ne pouvait plus être considéré comme fiable. La restauration a été menée en plusieurs étapes. La composition a retrouvé celle d'origine ; la composition originale des jeux de mutation a pu être retrouvée en majorité grâce à des recherches poussées. D'autre part, les claviers standards ont été remplacés par des nouveaux de style ancien, et tous les éléments techniques internes ont été remis à neuf. La Subbas 16' a été conservé. La restauration a été terminée en 1988, et depuis, la Grote Kerk de Nijkerk jouit à nouveau d'un superbe orgue historique.
